Sebelumnya Idayati mempunyai suami bernama Hari Mulyono. Namun suaminya meninggal dunia akibat stroke pada 2018 lalu dan menghembuskan napas terakhir di RSPAD Gatot Soebroto, Jakarta.
Putri sulung Idayati, Septiara Silvani Putri menceritakan kisah perkenalan ibunya yang merupakan adik Jokowi dengan Ketua Mahkamah Konstitusi, Anwar Usman.